В 2003 г. в институте создан сектор по изучению регистрирующих возраст структур. МагаданНИРО является пионером на Российском Дальнем Востоке в разработке и внедрении в производство способов массового мечения заводских лососей, основанных на маркировании отолитов рыб. Институтом разработан инновационный метод «сухого» маркирования — чрезвычайно простой, дешевый и удобный в применении, не требующий специального оборудования. «Сухой» способ массового мечения лососей, известный за рубежом как «русский», может широко применяться на любых лососевых рыбоводных заводах (ЛРЗ). Данный способ запатентован в 1999 г. Федеральным институтом промышленной собственности (патент № 2150827).
В момент образования сектора руководила им Е.Г. Акиничева, после её переезда на Сахалин заведующим сектором стал Е.А. Фомин, а сейчас этим подразделением руководит к.б.н. А.В. Ямборко. Много лет в секторе проработала С.Н. Волкова и Н.И. Волкова, на смену им пришла М.Е. Калякина.
Мечение, паспортизация и идентификация рыбоводной продукции позволяет достоверно оценивать биологическую эффективность рыбоводных работ, определять конкретный вклад рыбоводного предприятия в пополнение запасов лососей.
Методы маркирования отолитов позволяют осуществлять массовое (до 100%) мечение всего объёма культивируемых рыб на рыбоводных заводах. Метка сохраняется на протяжении всей жизни рыб и может быть прочитана на любом этапе онтогенеза. Анализируя отолиты лососей, можно объективно оценить эффективность применения той или иной биотехнологии разведения, определить коэффициенты возвратов выращенных на ЛРЗ рыб и их долю в смешанных преднерестовых скоплениях и морских уловах.
Маркирование лососей позволяет выполнять широкий круг исследований по экологии, распределению, эстуарно-прибрежным миграциям и выживаемости молоди заводского происхождения. Получаемые данные позволяют определить долю заводских рыб в общем подходе и оценить эффективность работы заводов.
Кроме того, мечение тихоокеанских лососей на рыбоводных заводах путем маркирования их отолитов в настоящее время является основой для ряда совместных международных проектов, связанных с дифференциацией стад тихоокеанских лососей различного происхождения в смешанных нагульных скоплениях, участником которых является и Россия.
Дополнительно в секторе ведутся работы по объективизации оценок возраста по отолитам и чешуе, а также по изучению структуры отолитов других видов рыб.
