Целью создания филиала является осуществление функций и полномочий Учреждения, а также представление его интересов и их защиту на территории: Дальневосточного федерального округа, Магаданской области -исключительной экономической зоны: Охотского моря в пределах Северо-Охотоморской, Западно-Камчатской, Восточно-Сахалинской промысловых подзон, подрайоне Центральная части Охотского моря.